Στο Άγιο Όρος με την επωνυμία «Αθωνιάς Σχολή» λειτούργησαν κατά περιόδους διάφορες σχολές. Αυτές απέβλεπαν στην «ιεροπρεπή και εγκυκλοπαιδικήν μόρφωσιν των Αγιορειτών μοναχών συμφώνως τω πνεύματι της Ορθοδόξου Εκκλησίας και του αγιορειτικού αρχαίου μοναχισμού».
Στην Ιερά Μονή Μεγίστης Λαύρας ο άγιος Αθανάσιος ο Αθωνίτης δημιούργησε σχολείο. Μέχρι σήμερα οι μοναχοί ονομάζουν το χώρο που γινόταν τα μαθήματα «σχολείο». Οργανωμένη όμως σχολή, σύμφωνα με τις μαρτυρίες που έχουμε, ιδρύθηκε κατά την εποχή της φιλολογικής και καλλιτεχνικής ανθήσεως επί της δυναστείας των Παλαιολόγων, τον ΙΓ΄ αιώνα, στο Ιβηρίτικο Κελλί Aγιος Ιωάννης Θεολόγος με την επωνυμία «Ιβηριτική Θεολογική Σχολή», η οποία ήταν καθαρώς ελληνική σχολή.
Το 1749 ο φιλόμουσος ιερομόναχος Μελέτιος Βατοπεδινός με την προτροπή του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου του Ε΄ πρωτοστατεί στην ίδρυση σχολείου κοντά στην Ιερά Μονή Βατοπεδίου και το οποίο ονομάσθηκε αργότερα από τον Ευγένιο Βούλγαρη «Αθωνιάς Εκκλησιαστική Ακαδημία».
Στην Ιερά Μονή Μεγίστης Λαύρας ο άγιος Αθανάσιος ο Αθωνίτης δημιούργησε σχολείο. Μέχρι σήμερα οι μοναχοί ονομάζουν το χώρο που γινόταν τα μαθήματα «σχολείο». Οργανωμένη όμως σχολή, σύμφωνα με τις μαρτυρίες που έχουμε, ιδρύθηκε κατά την εποχή της φιλολογικής και καλλιτεχνικής ανθήσεως επί της δυναστείας των Παλαιολόγων, τον ΙΓ΄ αιώνα, στο Ιβηρίτικο Κελλί Aγιος Ιωάννης Θεολόγος με την επωνυμία «Ιβηριτική Θεολογική Σχολή», η οποία ήταν καθαρώς ελληνική σχολή.
Το 1749 ο φιλόμουσος ιερομόναχος Μελέτιος Βατοπεδινός με την προτροπή του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου του Ε΄ πρωτοστατεί στην ίδρυση σχολείου κοντά στην Ιερά Μονή Βατοπεδίου και το οποίο ονομάσθηκε αργότερα από τον Ευγένιο Βούλγαρη «Αθωνιάς Εκκλησιαστική Ακαδημία».
